Οι κυριότερες ενδείξεις για εξωσωματική γονιμοποίηση είναι:
Προβλήματα στην ωορρηξία:
Στις περισσότερες γυναίκες που αντιμετωπίζουν αυτό το πρόβλημα, χορηγούνται ειδικά φάρμακα προκειμένου να γίνει με τεχνητό τρόπο πρόκληση ωοθυλακιορρηξίας. Πολλές φορές, η πρόκληση αυτή συνδυάζεται και με σπερματέγχυση. Η εξωσωματική γονιμοποίηση σε αυτήν την περίπτωση θα χρησιμοποιηθεί αν οι παραπάνω πιο ήπιοι και λιγότερο επεμβατικοί τρόποι υποβοήθησης δεν πετύχουν ή συνυπάρχει εξαρχής και ανδρικός παράγοντας υπογονιμότητας.
Προβλήματα στις σάλπιγγες:
Παλαιότερα υπήρχε και η χειρουργική προσέγγιση σε μια προσπάθεια επαναφοράς της λειτουργίας των σαλπίγγων με όχι όμως τόσο καλά αποτελέσματα. Σήμερα η εξωσωματική γονιμοποίηση θεωρείται η πλέον αποτελεσματική θεραπευτική μέθοδος, αφού οι σάλπιγγες παρακάμπτονται.
Ανδρική υπογονιμότητα:
Αν το σπέρμα έχει κάποιο πρόβλημα και δεν είναι φυσιολογικές οι παράμετροι (ποσοτητα, κινητικότητα, μορφολογία) που ορίζει ως σημαντικές η Παγκόσμια Οργάνωση Υγείας για την αναπαραγωγή τότε γίνεται κατάλληλη επεξεργασία του σπέρματος και εξωσωματική γονιμοποίηση.
Ενδομητρiωση:
Η ενδομητρiωση αποτελεί μία ύπουλη ασθένεια που προκειμένου να γίνει σωστά η διάγνωση απαιτείται χειρουργική επέμβαση. Ανάλογα με τα δεδομένα της ασθενούς, μπορεί σε ένα βαθμό να θεραπευτεί με έναν συνδυασμό χειρουργικής αντιμετώπισης και χορήγησης φάρμακων. Εάν όμως δεν υπάρξει αποτέλεσμα σε καθορισμένο χρονικό διάστημα, απαιτείται εξωσωματική γονιμοποίηση.
Προχωρημένη Αναπαραγωγική Ηλικία:
Σε γυναίκες μεγαλύτερες από 38 ετών, οι πιθανότητες για εγκυμοσύνη αυξάνουν σημαντικά εάν πραγματοποιηθεί εξωσωματική γονιμοποίηση, χωρίς βέβαια αυτό να σημαίνει πως μια γυναίκα δε μπορεί να μείνει έγκυος από μόνη της. Απλά, η εξωσωματική γονιμοποίηση στατιστικά έχει πολύ περισσότερες πιθανότητες.
Ανεξήγητη υπογονιμοτητα:
Περίπου το 20% των υπογόνιμων ζευγαριών πάσχει από ανεξήγητη υπογονιμότητα. Δηλαδή, παρά τις πολλαπλές εξετάσεις, δεν προσδιορίζεται το αίτιο της υπογονιμότητας. Όταν τα ζευγάρια αυτά έχουν δοκιμάσει όλες τις πιο ήπιες θεραπείες χωρίς επιτυχία, τότε θεωρείται πως πρέπει να καταφύγουν σε εξωσωματική γονιμοποίηση με καλά ποσοστά επιτυχίας (περίπου 35% σε μια μέση αναπαραγωγική ηλικία).
Γενετικές ασθένειες:
Εάν ο άνδρας και η γυναίκα γνωρίζουν πως είναι φορείς μιας καθορισμένης κληρονομούμενης γενετικής ασθένειας περιοριστικής για τη ζωή (πχ μεσογειακή αναιμία, κυστική ίνωση), μπορεί να γίνει εξωσωματική γονιμοποίηση προκειμένου να πραγματοποιηθεί προεμφυτευτική γενετική διάγνωση και να μεταφερθούν μόνο τα υγιή έμβρυα.