Ξεκινώντας την 21η ημέρα του κύκλου, χορηγούνται καθημερινά ενέσεις που καταστέλλουν τη φυσική παραγωγή ορμονών στο σώμα. Με τον ερχομό της επόμενης περιόδου, γίνεται υπερηχογραφικός και ορισμένες φορές ορμονολογικός έλεγχος προκειμένου να διαπιστωθεί εάν ήταν επιτυχής η καταστολή των ωοθηκών. Τότε η γυναίκα είναι έτοιμη να προχωρήσει στην επόμενη φάση, αυτή της διέγερσης των ωοθηκών, με ενέσιμες γοναδοτροπίνες. Η φάση αυτή διαρκεί 10 με 12 ημέρες. Όταν η γυναίκα είναι έτοιμη, θα πραγματοποιηθεί φαρμακευτική πρόκληση της ωοθυλακιορρηξίας με hCG και μετά από 36 ώρες η ασθενής θα υποβληθεί σε ωοληψία. Το μακρύ πρωτόκολλο, από τη στιγμή που ξεκινά έως και τη στιγμή που πραγματοποιείται το τεστ κυήσεως (τότε θεωρούμε πως έχει ολοκληρωθεί ένας κύκλος εξωσωματικής γονιμοποίησης) έχει χρονική διάρκεια περίπου ενάμιση με δύο μήνες. Στην περίπτωση που έχει προηγηθεί και χρήση αντισυλληπτικών χαπιών, η διάρκεια είναι μεγαλύτερη.