Στο πρωτόκολλο αυτό η θεωρητική βάση είναι η ίδια ωστόσο, είναι λιγότερα τα φάρμακα γονιμότητας που χρησιμοποιούνται κατά τη διάρκεια της φάσης διέγερσης. Σε αντίθεση με τα παραπάνω πρωτόκολλα διέγερσης εξωσωματικής γονιμοποίησης που έχουν ως στόχο την παραγωγή του μέγιστου αριθμού ωοθυλακίων, ο στόχος του mini-IVF είναι να παράγει δύο με τρία, πολύ καλής ποιότητας, έμβρυα. Ο κύκλος μπορεί να ξεκινήσει με τη χρήση αντισυλληπτικών χαπιών έως ότου ξεκινήσει ξανά η περίοδος. Την 3η ημέρα της νέας περιόδου, αρχίζει η φάση της διέγερσης, χρησιμοποιώντας μια μικρή δόση ενέσιμων γοναδοτροπινών σε συνδυασμό με κιτρική κλομιφαίνη, μέχρι τη στιγμή που θα γίνει πρόκληση ωοθυλακιορρηξίας με hCG. Το πρωτόκολλο αυτό συνιστάται σε ασθενείς χωρίς περίπλοκη διάγνωση υπογονιμότητας αλλά και σε γυναίκες προχωρημένης αναπαραγωγικής ηλικίας ή με φτωχή ανταπόκριση σε άλλο πρωτόκολλο.