Υπάρχουν αρκετά ζευγάρια τα οποία μπορούν να επωφεληθούν από μία εναλλακτική προσέγγιση όσον αφορά την Εξωσωματική Γονιμοποίηση και αυτό είναι η Εξωσωματική Γονιμοποίηση σε Φυσικό Κύκλο, χωρίς τη χρήση ορμονών διέγερσης.
Λόγω του ότι απλοποιείται σε μεγάλο βαθμό η διαδικασία, γιατί η γυναίκα δεν υπόκειται σε ορμονική διέγερση των ωοθηκών, η μέθοδος αυτή θεωρείται πολύ πιο εύκολη, επιφέρει λιγότερο στρες στον οργανισμό και, εξίσου σημαντικό, είναι λιγότερο δαπανηρή.
Με την Εξωσωματική Γονιμοποίηση σε Φυσικό Κύκλο, το ίδιο το σώμα φυσιολογικά επιλέγει το καλύτερο, το πιο ισχυρό ωάριο. Η ανάπτυξη και ωρίμανση του παρακολουθείται υπερηχογραφικά και η ωοληψία πραγματοποιείται σχεδόν ακριβώς την ημέρα που θα πραγματοποιείτο φυσιολογικά η ωορρηξία. Η ωοληψία απαιτεί πολύ ήπια αναισθησία και συνήθως δε συνοδεύεται από τον ίδιο πόνο που συνοδεύει την ωοληψία όταν υπάρχουν πολλαπλά ωοθυλάκια στις ωοθήκες.
Το μοναδικό ωάριο που λαμβάνεται κατά την ωοληψία, γονιμοποιείται από το σπέρμα του συζύγου και το έμβρυο μεταφέρεται 2-3 ημέρες μετά πίσω στη μήτρα. Δύο εβδομάδες αργότερα γίνεται το τεστ κυήσεως. Τις δυο αυτές εβδομάδες, επειδή όλα γίνονται με φυσικό τρόπο, δεν χρειάζεται η γυναίκα να λάβει ορμονική υποβοήθηση (προγεστερόνη), εκτός και αν για κάποιο λόγο κριθεί απαραίτητο.